Originariamente dedicata a Santa Maria della Scala, la chiesa ha assunto l'attuale denominazione di Santa Maria Assunta (insieme al titolo di Cattedrale) dopo la distruzione, nel 1809, per mano inglese, della più antica cattedrale ubicata nelle mura del Castello Aragonese.
Tranne, infatti, la breve parentesi francese agli inizi dell''800, l'edificio era stato retto per secoli dai Padri Agostiniani che sull'isola disponevano di moltissime proprietà: oltre a questa, donata da Pietro Cossa (fratello del più famoso Baldassarre, l'antipapa Giovanni XXIII), un'altra era il convento attiguo la chiesa del Soccorso a Forio.
Con la stagione francese di Gioacchino Murat, gli ordini religiosi vennero spogliati di tutte le ricchezze, salvo rientrarne in possesso dopo il ritorno in auge dei Borbone (con il contributo decisivo inglese cui abbiamo fatto riferimento in apertura).